In anul 1758 se hotăreşte dărâmarea acestei biserici, iar în anul 1761 se vede că biserica părăsită ameninţa cu surpare, căci magistratul în 6 Iulie 1761 aduce hotărârea, ca biserica augustinianilor “după ce e aproape să se surpe şi prin urmare e foarte periculoasă, să se încredinţeze un zidar care să o demoleze. Demolarea completă a urmat numai în anul 1812, când armeanul Donovâk şi-a edificat o prăvălie în locul bisericei amintite. Pietrele însă au rămas împrăştiate pană la mijlocul veacului trecut. Călugării augustiniani pe timpul reformaţiei au trecut mulţi la religia luterană (Luther încă a fost călugăr augustinian), trecând şi biserica şi claustrul în posesia luteranilor între anii 1540-1554, primind aceasta religie întreg oraşul. Puţin după aceea oraşul împreună cu preoţii au primit religia unitară, apoi reformată. In anul 1553, nu mai existau călugări din ordul augustinianilor, iar regele Ferdinand dăruieşte casa calugarilor unui particular, cu condiţia că dacă s-ar reîntoarce călugării, atunci să o cedeze.
In timpul cât a stat acest ord călugăresc în oraş, s-a bucurat de favoruri şi privilegii însemnate din partea regilor Ungariei. Au primit pentru ord o moară pe Valea Salca, un anumit cvant de sare, bani, pănură etc. Pe lângă ordul călugăresc al augustinianilor în oraş se mai aflau şi preoţii seculari romano-catolici din cele mai vechi timpuri, afirmative de pe timpul primului rege maghiar Ştefan cel Sfânt. Aceştia serveau într-o capelă în cetatea veche sau Ovar, din a cărei rămăşiţe a fost construit prin evul mediu turnuleţul de azi din parcul de sus. Afară de aceasta capelă mai erau şi altele pe teritorul oraşului: Capela Spiritului Sfânt, Capela Sf. Ioan Botezătorul şi Capela Sf. Cătălina. Preoţii seculari romano-catolici pe la mijlocul veacului al XlV-lea, au pus baza bisericei gotice de azi, situată pe ridicătura dinspre apus a pieţei (azi în posesia reformaţilor), care în decursul veacurilor a trecut prin (atâtea restaurări şi transformări, încât azi abia păretele de cătră miază noapte a rămas în starea originală. După anul 1602, când Basta a devastat oraşul, toate capelele s-au nimicit, iar biserica augustinianilor ruinată a ajuns în posesia reformaţilor, care sub George Rakoczy l-ul au început a câştiga teren tot mai mult până când la sfârşitul veacului al XVII-ea au câştigat întreg oraşul pentru biserica reformată.
Intre astfel de împrejurări “custodia ardeleană catolică” s-a năzuit din toate puterile ca să refacă stările de mai înainte. In aceasta năzuinţă se vede ca era sprijinită şi de unii fruntaşi catolici ai oraşului. In anul 1703 a fost trimis în Dej pentru propagandă călugărul Lamprich, s-a reîntors însă fără rezultat din cauza tulburărilor ivite cu războiul racoţian. După potolirea războiului a fost trimis la Dej pentru acelaşi scop călugărul Conrad Werner, care a reusit să câştige pe mai mulţi religiei catolice, printre care pe perceptorul depozitului de sare, Hansch şi cămăraşul Hann, care-i făcu călugărului o leafa anuală de 200 fl, 12 cubi de grâu, 12 cubi de ovăz şi 12 care de fân, din venitul camerei de sare.
Serviciul divin îl ţinea într-o chilie a casei rakocziene. In anul 1712 o familie catolică cu numele Racz, dăruieşte pentru ord (franciscan) o grădină pe care călugărul Werner edifică în anul 1713 o casă cu 4 chilii pentru călugării din ord. După Werner a urmat un călugăr cu numele Balaş, un orator vestit, care a câştigat mai multe familii pentru religia catolică prin elocinţa sa. In anii 1715- 17 se edifică şio capelă, care a servit ca loc de închinare pentru romano-cotolicii până la edificarea bisericii noi între anii 1726 – 1777.
Romano-catolicii din Dej neavând nici paroh nici biserică parohială se folosesc de biserica ordului San Franciscan în baza unei învoieli cu ordul.
Claustrul de azi a fost ridicat pe teritorul donat de familia Râcz, în anul 1720. Fiindcă reformaţii puneau toate piedicile posibile ca să zădărnicească edificarea, claustrul numai în anul 1780 a putut fi terminat complet. Călugării au fost ajutaţi mult de guvernatorul Corniş, căruia singur îi poate multumi biserica romano-catolica existenţa în oraşul nostru. Instalarea ordului în posesia bisericii şi a claustrului s-a făcut în anul 1742, luând parte la aceasta instalare dintre locuitorii români de religie greco-catolica: Petru lacociu, Toader Câmpean, George Sălîşcan şi Ioan Mureşan.
In anul 1766-77 biserica romano-catolica din Iocalitate e declarată ca azil unde s-a putut refugia orice făcător de rele.